Я бы всё-таки начинал с бизнес-задач сайта, а потом ядро и т.п. Вдруг, задача стоит сделать промо-сайт, на котором 2 страницы: 1 описание продукта, 2 форма заказа товара\звонка и т.п. Зачем здесь ядро? Да и вообще, сайт с любой структурой можно двигать без проблем имея страницы для нужных запросов, а остальная структура может остаться прежней.