И даже не важно есть ли сайт в каталоге, достаточно чтоб тематика была присвоена У меня одного сайта в каталоге нет, а народ с поиска по каталогу приходит. Но тем не менее, хотя Яндекс и говорит, что наличие в каталоге никак не сказывается на позиции в выдаче, жирную ссылку каталог всё-таки даёт и наверное траст какой-то. Плюс, после попадания в каталог Яндекса, сайт чудесным образом оказывается в каталоге Апорта. Может и ещё какие каталоги из ЯКа информацию тянут.
Основное это конечно траст. Яндекс автоматом считает такие сайты качественными, значит меньше всяких обычных проблем, типа неожиданного вылета с выдачи или плохого индексирования новых страниц.