Для бух.учета используем 1С Бухгалтерию 8 проф. в одной базе ведем несколько юр.лиц и ИП с пересеающимися видами деятельности и контрагентами. В ней можно вести все виды налогообложения. УСН, общая, ооо, ИП. Конечно есть и другие программы для учета сделок по найму, но официально это все дорого. Если вести в базовой версии, то можно зарядить 1С Бухгалтерия 8 базовая -3300 рубл. но в тогда в одной базе можно вести только одно лицо (ип или юр.лицо)